Уважение вологжан к Галактиону было очень велико. Во время междуцарствия Галактион призывал жителей Вологды к покаянию и убеждал их построить при его келье церковь во имя Знамения Богородицы; но постройке церкви помешал богатый посадский человек Нечай Щелкунов.

22 сентября 1612 года литовцы, напавшие на Вологду, нашли Галактиона в его затворе; они били его «нещадно», «мечи сечаху» и в конце концов «древом удариша его по главе и оставиша его еле жива суща». От этих истязаний Галактион скончался 24 сентября 1612 года и был погребен при его келье. «Пустынька на речке Содемке» сделалась предметом почитания вологжан. Сначала здесь была построена церковь Знамения, а в 1654 году, на средства, пожертвованные царем Алексеем Михайловичем, церковь Святого Духа и основан мужской Свято-Духов монастырь.
_1717 году в честь Преподобного Галактиона была составлена особая служба.

В конце XIX он уже почитался как святой, без формальной канонизации, а в Знаменской церкви Вологодского Духова монастыря был устроен придел во имя его. Мощи преподобного Галактиона были упокоены в нижнем этаже Знаменской церкви Духова монастыря, где и был устроен престол во имя его, под спудом; над могилой устроена медная посеребренная рака с изображением Галактиона на верхней доске. У раки были размещены его тяжелые вериги и железные параманд, шапка и цепь. На параманде высечены слова: «раб Божий Гавриил во имя Отца и Сына и Святаго Духа обещался есми терпети до конца».